薬剤師を雇うときに押さえておきたい！調剤薬局のための税務・インボイス対応
kawabata
調剤薬局を経営していると、正社員だけでなく、パートやアルバイトの薬剤師さんを雇用する機会が多くあります。さらに最近では、副業で掛け持ちをしている方や、業務委託として働くフリーランスの薬剤師も増えてきました。今回は、雇用形態別に源泉徴収や年末調整の取り扱いについて整理します。
1. 正社員の場合
正社員として雇用している薬剤師には、毎月の給与から源泉徴収（所得税および住民税の特別徴収）を行い、年末調整で年間の税額を精算します。また、社会保険（健康保険・厚生年金・雇用保険）の加入も義務付けられます。
- 所得税：給与所得の源泉徴収税額表（甲欄）に基づいて計算
- 住民税：6月以降は特別徴収で天引き
- 年末調整：12月の給与支給時に行う
- 社会保険：原則すべて加入（勤務条件により）
2. パート・アルバイトの場合（主たる給与）
パートやアルバイトでも、その薬局がその人の「主たる給与支払者」であれば、正社員と同様に甲欄適用、年末調整も行います。社会保険については、週20時間以上かつ一定の条件を満たす場合には加入義務があります。
- 源泉徴収：甲欄を使用
- 年末調整：他に給与がない場合は実施可
- 社会保険：条件により加入義務あり（週20時間以上・月額賃金等）
3. パート・アルバイト（副業／他に本業あり：乙欄）
副業として薬局でバイトする場合は、基本的に乙欄適用となり、年末調整は行いません。
- 源泉徴収：乙欄の税額表に基づいて計算
- 年末調整：なし（本人が確定申告）
- 注意点：本人が「給与所得者の扶養控除等申告書」を提出しない限り、乙欄適用になります
4. 業務委託の場合
薬剤師業務を請け負い契約として行っている場合、給与ではなく報酬として処理します。この場合、原則として薬剤師報酬は源泉徴収の対象外です。
- 区分：”報酬・料金”としての支払
- 源泉徴収：原則不要（※契約内容により例外あり。講演料等は対象）
- 年末調整：対象外
- 支払調書の発行：翌年1月末までに発行
- 社会保険：適用なし（自ら国保・国民年金に加入）
インボイス制度との関係
業務委託の薬剤師がインボイス登録をしているかどうかで、支払う薬局側の処理が変わります。
- 登録済み：報酬に対して消費税を支払い、仕入税額控除が可能
- 未登録：消費税分の控除が不可
- ※給与やパート代にはインボイス制度は関係ありません
まとめ
| 区分 | 源泉徴収 | 年末調整 | 社会保険 | インボイス制度 |
|---|---|---|---|---|
| 正社員 | 甲欄 | 実施 | 加入義務あり | 無関係 |
| パート（主） | 甲欄 | 実施可 | 条件により加入 | 無関係 |
| パート（副） | 乙欄で計算 | なし | 原則なし | 無関係 |
| 業務委託 | 原則不要（契約内容により） | なし | 自己加入 | 登録の有無で処理が変わる |
薬剤師の雇用形態ごとに処理が異なるため、年末に慌てないように、早めに確認・対応しておきましょう。不明点があれば、税理士に相談することをおすすめします。
