グループ会社間の取引に要注意！令和8年4月から始まった「関連者間取引の書類保存特例」とは？

「親会社からシステム利用料を請求されているけど、契約書に金額の根拠が書いていない」「子会社に経営指導料を払っているが、算定根拠の資料がない」

グループ会社間でこのような取引をしている場合、2026年4月1日から新たな書類保存義務が生じています。対応を怠ると青色申告の承認が取り消されるリスクがあるため、早めの確認が必要です。

どんな制度か

令和8年度税制改正により「関連者間取引に係る書類の整備保存の特例」が創設され、2026年4月1日以後に開始する事業年度から適用されています。

簡単にいうと、親会社・子会社・兄弟会社などの関連者との間で特定の取引を行う場合、その取引価格の算定根拠を明らかにする書類を取得・作成・保存することが義務づけられた制度です。

これまで移転価格税制は国外の関連者との取引が主な対象でしたが、今回の特例は国内のグループ会社間取引も対象になっている点が大きな特徴です。

誰が対象になるか

対象は規模を問わずすべての内国法人です。

大企業だけでなく中小企業も対象になります。「うちは小さい会社だから関係ない」とはなりません。グループ会社間で取引がある法人は、規模に関わらず確認が必要です。

「関連者」とはどんな会社か

関連者とは、自社との間に以下のような特殊の関係がある法人です。

親子関係は一方の法人が他方の法人の発行済株式の50%以上を直接または間接に保有している関係です。兄弟関係は同一の者によって複数の法人の発行済株式の50%以上を保有されている関係です。実質支配関係は株式保有割合に限らず、役員の兼務・取引依存・資金調達依存などにより一方が他方を実質的に支配している関係です。

何が対象取引（特定取引）になるか

すべてのグループ間取引が対象になるわけではありません。対象となる「特定取引」は以下のものです。

①工業所有権等の譲渡・貸付け

特許権・実用新案権・商標権・著作権・プログラムの著作物などの知的財産権を関連者から受け取る取引です。

②関連者からの役務提供

経営管理・指導、情報提供、研究開発、広告宣伝など関連者の知識・経験・経営資源を活用した役務の提供を受ける取引です。実務上よく見られるものとしては、グループ本社からの経営管理料・システム利用料・シェアードサービス費用などが該当します。

ただし、関連者からの製品仕入など売上原価となるものは対象外です。販売費・一般管理費などの費用の元になる取引に限定されています。

何を保存しなければならないか

取引に関する注文書・契約書・領収書などの書類に、以下の事項の記載がない場合は、これを明らかにする補完書類を別途取得・作成・保存する必要があります。

その取引に関する資産または役務の提供の明細、およびその取引においてその内国法人が支払うこととなる対価の額の計算の明細などです。

つまり「何をしてもらったのか」「なぜその金額になるのか」が書類から明確にわかる状態にしておく必要があります。

違反した場合のペナルティ

書類の保存義務に違反した場合、青色申告の承認の取消事由に該当します。

青色申告が取り消されると以下のような影響が生じます。

欠損金の繰越控除が使えなくなります。取り消された事業年度以降に生じた欠損金は翌期以降に繰り越せなくなります。たとえば今期5,000万円の赤字を計上した場合、本来は翌期以降10年にわたって黒字と相殺できたはずのものが消滅します。また30万円未満の少額減価償却資産の特例など、青色申告者だけが使える特典が使えなくなります。

今すぐ確認すべきこと

2026年4月1日以後に開始する事業年度からすでに適用されています。対応が遅れている場合は早急に以下を確認しましょう。

まずグループ会社間取引の洗い出しを行います。経営管理料・システム利用料・ロイヤルティ・シェアードコストなど、関連者から受けている取引をすべてリストアップします。次に既存書類の確認を行います。現在保存している契約書・請求書・領収書などに「何をしてもらったか」「なぜその金額か」が明記されているか確認します。記載が不十分な場合は補完書類の作成を行います。対価の算定根拠・配賦基準・計算明細などを別途文書化して保存します。

まとめ

令和8年4月から始まった関連者間取引の書類保存特例は、中小企業も含むすべての内国法人が対象です。グループ会社間で経営管理料やシステム利用料などのやりとりがある場合、現在の書類に対価の算定根拠が記載されているか今すぐ確認する必要があります。違反すると青色申告の承認取消というリスクがあるため、早めの対応をおすすめします。

グループ間取引の書類整備についてご不安な方は、お気軽にご相談ください。