健康診断・人間ドックの費用は経費になる？役員だけ受けると給与課税される落とし穴を解説

「社長の人間ドック代を会社の経費にしたいんですが、大丈夫ですか？」

経営者の方からよく聞かれる質問です。健康診断や人間ドックの費用は、条件を満たせば福利厚生費として経費になります。
しかし条件を外すと役員への給与として課税される、意外と落とし穴の多い論点です。

正しい取り扱いを確認しておきましょう。

大前提：従業員の健康診断は会社の義務

まず押さえておきたいのは、労働安全衛生法により会社は従業員に年1回の健康診断を受けさせる義務があるということです。

この法定健康診断の費用は会社が負担すべきものであり、当然に**福利厚生費として経費になります。**従業員への給与課税もありません。ここまでは迷う余地がない部分です。

問題は、法定の健康診断を超える部分、つまり人間ドックやオプション検査、そして役員の健診費用です。

人間ドック費用が福利厚生費になる条件

人間ドックのような法定外の健診費用でも、以下の条件を満たせば福利厚生費として経費にでき、給与課税もされません。

①全員を対象としていること

役員・従業員の全員が受けられる制度になっていることが必要です。「社長だけ」「役員だけ」が対象の場合は福利厚生とは認められません。
なお、「35歳以上の希望者全員」のように年齢等の合理的な基準で対象を区切ることは認められています。
一定年齢以上を対象とするのは健康管理の観点から合理性があるためです。

②会社が医療機関に直接支払うこと

会社が医療機関に費用を直接支払う形が原則です。
本人がいったん立て替えて実費精算する形も認められますが、現金で「健診手当」として渡すと給与課税されます。

③金額が常識的な範囲であること

一般的な人間ドック（数万円〜10万円程度）であれば問題ありません。ただし高額な特別コースや宿泊付きの豪華な検診プランなど、社会通念を超える金額は給与課税されるリスクがあります。

役員だけが人間ドックを受けるとどうなる？

ここが最大の落とし穴です。

「従業員は法定健診のみ、社長だけ人間ドック」という運用をしているケースは実際によくあります。この場合、社長の人間ドック費用は役員への給与（経済的利益の供与）として扱われます。

役員給与として扱われると、二重に不利な事態になります。

まず社長個人に所得税・住民税が課税されます。さらに、この給与は定期同額給与に該当しないため、**法人税の計算上も損金になりません。**会社の経費にもならず、個人には課税されるという最悪のパターンです。

「経費で落とせて健康管理もできて一石二鳥」のつもりが、真逆の結果になってしまいます。

ひとり社長の場合は？

従業員のいないひとり社長の会社の場合、「全員対象」といっても対象は社長ひとりです。

この場合、形式上は全員を対象とした制度であっても、実態として役員個人への利益供与と判断されるリスクが高くなります。
ひとり社長の人間ドック費用は、福利厚生費として認められにくいと考えておいた方が無難です。

どうしても会社負担にしたい場合は、税務調査で指摘されるリスクを理解したうえで、健診規程の整備など形式面を整えておく必要があります。

家族従業員・配偶者の場合は？

家族経営の会社で、配偶者や親族が従業員として働いているケースでは、実際に勤務している従業員であれば健診の対象に含めて問題ありません。ただし勤務実態のない家族を対象に含めると、その分は給与（または役員給与）として課税されます。

インフルエンザ予防接種などはどうなる？

健康診断に関連して、インフルエンザの予防接種費用も同じ考え方です。
全員を対象として会社が負担すれば福利厚生費になります。

一方、市販のサプリメントやジム会費の補助などは、業務との関連性が薄く、原則として給与課税の対象になります。
健康関連の費用がすべて福利厚生費になるわけではない点に注意してください。

まとめ

健康診断・人間ドックの費用を経費にするポイントを整理します。

従業員の法定健診は会社の義務であり当然に経費になります。
人間ドックは全員対象・会社が直接支払い・常識的な金額の3条件を満たせば福利厚生費になります。役員だけが受けると給与課税かつ損金不算入という二重のペナルティがあります。

ひとり社長の場合は福利厚生費として認められにくいのが実情です。

「うちの健診制度の設計が大丈夫か確認したい」という方は、お気軽にご相談ください